Una investigación llevada a cabo por el Vall d’Hebron Instituto de Oncología (VHIO) ha descubierto una nueva metodología para identificar variaciones genéticas inductoras de cáncer. Este estudio, que cuenta con el apoyo de la Universidad de Stanford e Illinois, representa un avance significativo en la identificación de alteraciones genéticas impulsoras del cáncer, las denominadas como “drivers”.
Esta nueva metodología implementada por el VHIO se focaliza en el aumento de copias genéticas en modelos preclínicos, en organoides
Esta nueva metodología implementada por el VHIO se focaliza en el aumento de copias genéticas en modelos preclínicos, en organoides (modelos tridimensionales de órganos desarrollados en laboratorios). Los cambios en el número de copias de ADN es un fenómeno muy frecuente en muchos tipos de cáncer. Las células tumorales requieren de una o varias alteraciones que provocan su división y proliferación incontrolada. De hecho, alguna de estas divisiones, drivers, consisten en un incremento de ciertas regiones del genoma. Sin embargo, debido a que se pueden ser muy amplias, en muchas ocasiones no se sabe cuál es el gen que actúa dentro de esta región.
Aproximación computacional integrativa
En este sentido, José Antonio Seoane, jefe del grupo de Biología Computacional del Cáncer y co-primer autor del estudio junto a Ameen Salahudeen de la Universidad de Illinois en Chicago, explicó que en primer lugar identificaron amplificaciones en el número de copias que podían estar relacionadas con la oncogénesis, mediante un screening computacional analizando la frecuencia de aparición de estas alteraciones en los datos del Proyecto del Atlas del Genoma Humano (TCGA) y correlacionándolas con cambios en la expresión de los genes.
393 genes candidatos se validaron en organoides de ratón y humanos de cáncer de esófago, cavidad oral, colon, estómago, páncreas y pulmón
Asimismo, desgranó que esta aproximación computacional integrativa permitió reducir el número de genes candidatos a ser drivers oncogénicos a unos 1.000. De entre estos, un subconjunto de 393 genes candidatos se validaron en organoides de ratón y humanos de cáncer de esófago, cavidad oral, colon, estómago, páncreas y pulmón. Además, los investigadores provocaron amplificaciones del número de copias marcadas con un código de barras mediante la infección de cADN por lentivirus. Posteriormente, dejaron crecer los organoides y se secuenciaron para cuantificar las poblaciones de genes marcados, a más clones, más probabilidades de que ese gen sea efectivamente un driver.
Nuevos drivers oncogenéticos
“Utilizando este sistema de códigos de barras y lentivirus pudimos identificar diversos oncogenes ya conocidos como CDK4 y CDK6 o KRAS en estos tipos de cáncer, validando la nueva metodología. No en vano, hemos sido capaces de identificar dos nuevos drivers oncogénicos FGF3 en cáncer de esófago y DYRK2 en cáncer de la cavidad oral”, aseguró Seoane.
Este estudio ofrece perspectivas esperanzadoras para el desarrollo de terapias más efectivas y específicas en el tratamiento de diversos tipos de cáncer
Por ello, el especialista ensalza la trascendencia de este estudio, que, de hecho, ya se ha hecho eco de sus resultados la revista Cell Reports, ya que “se trata de un estudio metodológico que demuestra la utilidad de este sistema para la detección de drivers inductores del desarrollo del cáncer, pero también tiene importancia clínica dado que existe un inhibidor de FGF3 aprobado en Estados Unidos para el cáncer de vejiga y biliar”. Además, este estudio abre la puerta a investigar si será eficaz una terapia dirigida a FGF3 en pacientes con cáncer de esófago, “que suele ser de mal pronóstico”.
Por tanto, este estudio no solo avanza en la comprensión de las alteraciones genéticas del cáncer, sino que también ofrece perspectivas esperanzadoras para el desarrollo de terapias más específicas y efectivas en el tratamiento de diversos tipos de cáncer, en especial, en cáncer de esófago y cavidad oral.
