Papel del microbiólogo clínico en el diagnóstico de la patología infecciosa

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Por Luis Martínez Martínez. Jefe de Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Reina Sofía, Córdoba. Portavoz Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica.

La Microbiología Clínica se desarrolló en España a nivel asistencial en la segunda mitad del pasado siglo, especialmente a partir de la década de 1970, y desde un principio, los Servicios y Unidades de esta especialidad han venido proporcionando información clave para el diagnóstico de las enfermedades infecciosas, definiendo los agentes etiológicos, orientando el mejor tratamiento antimicrobiano y aportando datos de interés epidemiológico. Aunque estos aspectos son bien conocidos por los profesionales sanitarios, tanto en el entorno del hospital como en el de la atención primaria, probablemente su impacto real no ha llegado a ser bien conocido por la sociedad en su conjunto, donde las pruebas de microbiológicos se llegan a difuminan entre los múltiples estudios a los que puede verse sometido el paciente. La pandemia de COVID-19 ha puesto el foco en esta especialidad, que está proporcionando información clave a distintos niveles: para cada persona concreta, para su entorno familiar y social y para la toma de decisiones de salud pública.

La Microbiología Clínica española partía de nivel de excelencia reconocido internacionalmente. De esta forma, no resultó demasiado complejo, desde el inicio de la pandemia, poner a punto métodos de diagnóstico molecular (fundamentalmente, ensayos de extracción de ácidos nucleicos y de amplificación por PCR) para diagnosticar a los pacientes con COVID-19. Los microbiólogos clínicos asumieron la inmediata y continua puesta al día de conocimientos, así como la adecuada gestión de los recursos de diagnóstico molecular, afrontando en algunos momentos las limitaciones en la disponibilidad de los mismos. De esta forma, se proporcionó una información que ayudó tanto al manejo de los enfermos como a la definición de las medidas dirigidas a contener la expansión del nuevo coronavirus. Durante esa primera ola, las necesidades asistenciales obligaron a redefinir en muchos centros horarios de actividad (24 horas, 7 días a la semana) y a disponer de personal suficiente y adecuadamente formado para dar respuesta a una demanda creciente. La complejidad del diagnóstico microbiológico quedó patente, en muchas Comunidades Autónomas, en la necesaria y exitosa coordinación por especialistas en Microbiología Clínica de las contribuciones que se hicieron desde centros de investigación con capacidad técnica para la realización de estudios moleculares.

La adecuada organización de los Servicios de Microbiología clínica permitió integrar sistemas de diagnóstico molecular capaces de detectar SARS-CoV2- en menos de una hora, lo que a su vez dio respuesta a necesidades concretas como intervenciones quirúrgicas, partos, trasplantes… evitando así el colapso de muchos centros hospitalarios.

Más allá de la PCR y de otros métodos moleculares, la disponibilidad de otros test diagnósticos está siendo crucial para atender a los pacientes y para disponer de información fiable sobre la evolución de la pandemia. La Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC) ha ido elaborando diversos documentos sobre el mejor uso de estos test. La rápida evaluación en varios centros españoles de pruebas rápidas de detección de antígeno procedentes de China (con una fiabilidad muy inferior a la declarada oficialmente por los fabricantes), evitó el uso inadecuado de los mismos y, además, ahorró al sistema un gasto inapropiado.

La SEIMC ha contribuido también en este tiempo a la redacción de documentos elaborados por el Ministerio de Sanidad en los que se abordan múltiples aspectos del diagnóstico microbiológico de la COVID-19. Ha quedado así patente la prácticamente nula utilidad de los test de detección de anticuerpos (incluidos los formatos rápidos basados en inmunocromatográfica) para fines diagnósticos. Por otra parte, la implicación directa de los Servicios de Microbiología Clínica en la logística de manejo y transporte de muestras clínicas ha sido fundamental para la realización del estudio nacional de seroprevalencia promovido por el Instituto de Salud Carlos III, cuyos resultados están contribuyendo al mejor seguimiento de la COVID-19 en España.

La experiencia adquirida durante la primera ola de la pandemia está resultando de gran utilidad para la gestión del proceso diagnóstico en esta actual segunda ola, y lo será en una potencial tercera ola. El uso adecuado de pruebas diagnósticas está permitiendo la actualización de la información sin las presiones y el estrés vividos en muchos centros durante la primavera de 2020. Aun así, nos estamos enfrentando a nuevos retos en el diagnóstico microbiológico de la COVID-19. La aparición de nuevas variantes de SARS-CoV-2, como la recientemente identificada en el Reino Unido, no solo es importante desde el punto de vista epidemiológico, eventualmente clínico, sino que también implica la revisión y puesta al día de los procedimientos diagnósticos que eviten falsos negativos, pues si no se detectaran a las personas infectadas o colonizadas por estas variantes se dificultará el control de la pandemia.

Considerando que, hoy por hoy, muchas de estas nuevas variantes se reconocen mediante la secuenciación del genoma del virus, parece muy recomendable que nuestro sistema sanitario disponga de un número adecuado de Servicios de Microbiología Clínica que tengan disponible en su práctica habitual esta metodología.

Esto ya sucede en diversos centros que vienen utilizando métodos de secuenciación convencional o masiva para la caracterización de bacterias multirresistentes o para predecir la respuesta a antirretrovirales en pacientes infectados por VIH, pero es oportuno que el número de centros con esta capacidad diagnóstica se incremente oportunamente para dar respuesta en tiempo real a las actuales necesidades que, sin duda, seguirán creciendo a corto plazo.

La campaña de vacunación actualmente en marcha será, sin duda, un punto de inflexión en el control de la pandemia por COVID-19. Será necesario un oportuno seguimiento de la respuesta, tanto a nivel individual como a nivel poblacional, y en ello la Microbiología Clínica volverá a tener un papel importante.

Con toda seguridad, a esta pandemia de COVID-19 seguirán nuevas alertas relacionadas con otros virus respiratorios, con virus hemorrágicos, con bacterias multirresistentes… o con otros microorganismos en los que, en estos momentos, ni tan siquiera imaginamos su potencial patógeno. No debemos escatimar esfuerzos y recursos para asegurar que, llegado el momento, estaremos preparados. Las nefastas consecuencias de la COVID-19 son una clara advertencia de lo que volverá a suceder si no hemos aprendido la lección.