La correcta clasificación y seguimiento del SARS-CoV-2 y sus mutaciones y variantes es la base del desarrollo de vacunas efectivas de manera rápida. Resulta inevitable enfrentarnos a nuevas cepas más resistentes, más transmisibles y que superen hasta las pruebas diagnósticas comunes.

En enero de 2021 la revista Nature publicaba un artículo para aclarar la clasificación y taxonomía del coronavirus pandémico. La Covid-19 la causa un virus de la familia coronavirus, género beta coronavirus, especie de coronavirus que causan “síndromes respiratorios agudos severos”, conocido como SARS-CoV-2. ¿Desde cuándo es tan importante una clasificación taxonómica precisa de sus variantes?

“Resulta crucial realizar un correcto seguimiento y monitorización de las mutaciones y variantes”

Resulta crucial realizar un correcto seguimiento y monitorización de las mutaciones y variantes que pueden superar las barreras inmunitarias. La lucha eficaz contra la pandemia requiere saber qué variantes prevalecen en un virus que presenta una alta capacidad de mutación que no tiene precedentes.

Porque también preocupa que la gravedad de la infección, el incremento de la capacidad de transmisión o la dificultad de ser detectados por pruebas de diagnóstico rutinarias se modifique peligrosamente.

“Una vacunación rápida en la población resulta crucial, por tanto, al disminuir la velocidad y la probabilidad de las mutaciones”

Mutaciones aleatorias

Ya se acepta que la capacidad del SARS-CoV-2 de evolucionar (mutaciones o variaciones) es extremadamente alta. Un virus puede mutar cuando se replica, y esto sólo ocurre cuando entre en una célula del huésped. Por esa razón, dejar a los virus fuera de las células sí es un efecto que esta generación de vacunas (las disponibles en la actualidad) puede lograr.

Puesto que no son vacunas esterilizantes, el virus puede estar presente en una persona inmunizada (vacunada o por exposición previa al virus). Una vacunación rápida en la población resulta crucial, por tanto, al disminuir la velocidad y la probabilidad de las mutaciones.

Evolución convergente

La evolución genética fruto de las mutaciones es aleatoria. Pero la presión selectiva produce copias similares del virus que se originan en lugares distintos del planeta. Se conoce como evolución convergente.

El SARS-CoV-2 contiene 30.000 bases de ARN, un ácido nucleico que comete más errores en sus replicaciones que el ADN de otros virus. Por esta razón los esfuerzos para monitorizar la evolución de las variantes resultan esenciales.

Las cifras de las mutaciones

Con más de 100 millones de casos en el mundo de Covid-19, se han publicado las secuencias de 600.000 genomas del SARS-CoV-2. Esto permite crear árboles filogenéticos que nos muestran las distintas variantes y su evolución en el tiempo. Más de 40.000 mutaciones que corresponden a 880 linajes se han identificado y publicado hasta ahora.

Los comienzos: cepa A y B

Todo comienza en Wuhan el 5 de diciembre de 2019 con la cepa A cuya variante B salta poco después a Europa y origina el linaje B.1. Este linaje ha producido múltiples variaciones, en su mayoría en las 3.800 bases que codifican la proteína S, responsable de la unión del virus a la célula humana.

Los linajes están clasificados y seguidos en la actualidad hasta la tercera semana de febrero de 2021 en un árbol accesible por la iniciativa público-privada GISAID que colabora en la secuenciación de virus epidémicos desde 2008.

CoV-GLUE es la base de datos que incluye las variaciones (inserciones, sustituciones o eliminaciones) de las bases del genoma que promueve la Universidad de Glasgow.

Los linajes más peligrosos

La comunidad científica sigue con expectación las mutaciones y variaciones que se van informando. Tres variaciones destacan especialmente:

B.1.351 (S. África),

B.1.1.7 (Kent) y

B.1.1.28 P1 (Brasil).

Las tres tienen en común que se asocian a resistencia frente a los anticuerpos generados (por vacunación o exposición al coronavirus) y poseen una mayor transmisibilidad.

La resistencia que permite evadir los anticuerpos la contiene la mutación E484K, y la mayor transmisibilidad la proporciona la mutación N501Y. Pero hay en la actualidad más de una veintena de cepas y variantes que están siendo estudiadas y monitorizadas que provocan preocupación.

“Es de destacar que mutaciones iguales han aparecido en distinto lugares del mundo”

Mutaciones casuales de lo mismo

Es de destacar que mutaciones iguales han aparecido en distinto lugares del mundo. La primera mutación que confiere más capacidad de transmisión al virus (N501Y) se ha visto en distintos linajes del coronavirus. La segunda mutación permite evitar parcialmente las defensas del ser humano (E484K), y es la cepa prevalente en Brasil y Sudáfrica.

El seguimiento de los distintos linajes de SARS-CoV-2 se hace a través del proyecto PANGO.

Cerrando países no evitamos las mutaciones

Sin embargo se ha visto también esta variación en Europa y Estados Unidos. Estas mutaciones aparecen en varios sitios a la vez y no son ocasionadas por los viajes y las transmisiones por el movimiento entre países. Cerrando países no evitamos las mutaciones, tan sólo disminuyendo los casos de Covid-19 se limita la probabilidad, de mutación al no replicarse el virus.

La solución: nuevas vacunas

Algunas compañías ya trabajan en la segunda generación de vacunas de ARNm que pueden superar las resistencias identificadas en la actualidad. Para eso resulta imprescindible tener bien clasificadas las mutaciones y variaciones que deben ser la base del desarrollo de nuevas vacunas.

La tecnología desarrollada en algunas de las nuevas vacunas permite una rápida respuesta en el desarrollo de nuevas generaciones de vacunas contra el coronavirus.

Reino Unido se ha tomado muy en serio la monitorización del SARS-CoV-2 invirtiendo casi 37 millones de Euros sólo en la secuenciación y seguimiento de las variantes. Son capaces de analizar 30.000 genomas de SARS-CoV-2 por semana. Estados Unidos se ha dado cuenta de que necesita seguir de cerca mutaciones como la de California (B1.429) y el Gobierno Federal acaba de destinar 166 millones de euros a esta tarea.