La Universidad de Valencia y la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (Fisabio) han conseguido secuenciar los tres primeros genomas en España de pacientes infectados por el SARS-CoV2. Este virus es el que desencadena el nuevo coronavirus, el Covid-19.
Los equipos de investigación de ambas entidades han logrado secuenciar el genoma completo de tres muestras de pacientes afectados por el Covid-19. Estas muestras procedían del laboratorio de Microbiología del Hospital Clínico Universitario de Valencia y han dado lugar a obtener las primeras secuencias del virus en España. Este trabajo de secuenciación se suma al que ya se está realizando a nivel mundial. El objetivo del mismo es identificar las vías de transmisión de este virus y ver cómo se propagan sus diferentes linajes.
“La principal conclusión del análisis de las primeras muestras es que las cepas proceden de rutas de transmisión diferentes”.
En palabras de Fernando González Candelas, uno de los investigadores que ha liderado este estudio “e objetivo primordial es identificar con mayor fiabilidad los focos y las cadenas de transmisión del coronavirus”. El experto explica que “la principal conclusión del análisis de las primeras muestras es que las cepas proceden de rutas de transmisión diferentes”.
Acceso a las secuencias
Ya se puede acceder a estas secuencias a través de la base de datos de la Iniciativa GISAID, consorcio públido que se dedica al estudio del virusl de la gripe. También accediendo a la plataforma Nextstrain, que permite seguir la progresión espacial y temporal de la pandemia a partir de los más de 500 genomas depositados. Por último, se puede consultar en la base de datos Genbank, dependiente del Instituto Nacional de Salud de Estados Unidos. (Links: www.gisaid.org, https://nextstrain.org, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/).
Estos grupos están formados por investigadores especializados en virología, epidemiología y bioinformática. Los profesionales han concluido que una de las cepas que han analizado está relacionada con otras registradas en países europeos como Italia, Alemania, Luxemburgo, Francia, Escocia o Países Bajos.
Ahora, según explica González Candelas, “el siguiente paso será analizar secuencias de más muestras de pacientes de los hospitales de la Comunidad Valenciana para comprobar las vinculaciones entre ellas y con las cadenas de transmisión establecidas por el personal especialista en epidemiología”.
Análisis de la transmisión
Desde la Universidad de Valencia indican que el análisis de genomas virales ofrece información para saber las vías por las cuales ha entrado el virus a nuestra comunidad. También, para conocer cómo se está transmitiendo en estos momentos. Estos datos, indican, ayudarán a las autoridades a controlar la propagación del Covid-19 en nuestra comunidad.
Ninguna cepa registra más virulencia, letalidad o característica muy peculiar desde una perspectiva clínica.
Otro de los datos que se puede extraer de la secuenciación del SARS-CoV2 es saber qué mutaciones ha experimentado el virus desde que empezase la epidemia. La conclusión que se ha alcanzando es que de momento no se ha observado ninguna que registre más virulencia, letalidad o característica muy peculiar desde una perspectiva clínica.
La secuenciación de estas muestras se ha realizado mediante MinIOn, un secuenciador de tercera generación de Oxford Nanopore Technologies. El resto de infraestructura utilizada en esta investigación se ha producido a través del Programa Operativo del Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) de la Comunidad Valenciana 2014-2020.
Equipo de trabajo
El análisis genómico ha sido llevado a cabo por la Unidad Mixta en Infección y Salud Pública de la Universidad de Valencia y la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (Fisabio). Estos equipos han estado liderados por Fernando González Candelas, catedrático de Genética e investigador del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) de la Universitat de València y del CSIC, y el Servicio de Secuenciación y Bioinformática de Fisabio que coordinan Giuseppe d’Auria y Llúcia Martínez.
