Se cumple un año de la detección del primer brote de SARS-CoV-2 en Wuhan (China) y los interrogantes en torno al virus no cesan. El pasado diciembre se detectó una nueva variante del virus en Reino Unido que ha despertado la alarma entre los expertos al poseer una transmisibilidad de hasta un 70% más alta pero, ¿Cómo es posible conocer de qué variante se trata cuando se conoce un nuevo caso de positivo en SARS-CoV-2?

A pesar de que los términos ‘mutación’, ‘cepa’ y ‘variante’ se usen a menudo de la misma forma para hacer referencia a la epidemiología del SARS-CoV-2, las distinciones son importantes.

Diferencia entre cepa y variante

Cuando un virus como el SARS-CoV-2 sufre una mutación, cambia su material genómico, alterando la secuencia de los componentes del genoma. En este sentido, un cambio en la secuencia del genoma entre un coronavirus y otro, produciéndose una o varias mutaciones, se conoce como ”variante”.

Sin embargo, se debe hacer referencia al término “cepa” cuando una de esas variantes produce un cambio significativo que confiere una modificación dentro de su ciclo biológico, dentro de su ciclo vital, que puede hacer que el virus sea más agresivo, más virulento o resistente, entre otras cualidades. Así lo ha explicado en una entrevista con Gaceta Médica el microbiólogo clínico del Hospital Clínico San Carlos, Fernando González Romo.

“En ciencia somos muy cautos con los términos y puede ser que ahora hablemos de ‘variante británica’ y en un tiempo hablemos de ‘cepa’”, ha indicado el experto, quien señala que “hasta que no se adquiera un nivel determinado que constate una gran modificación no deberíamos referirnos como cepa, porque a nivel científico asusta más que variante”.

En el contexto actual, en el que los contagios no paran de crecer, la prioridad principal de las autoridades es detectar quien puede estar infectado por SARS-CoV-2 y quien no. Por este motivo, conocer la variante que ha infectado a cada individuo “no es importante a nivel asistencial”, indica González Romo. La utilización de pruebas como test de antígenos o PCR se analizan en relación con unas bases concretas del genoma.

“Para saber concretamente qué tipo de variante es la que ha infectado al individuo es necesario secuenciar el material genómico completo del virus”

Microbiólogo clínico del Hospital Clínico San Carlos, Fernando González Romo

Muestreos de secuenciación

La técnica de secuenciación del virus se determina a partir de la muestra tomada en la prueba diagnóstica. Este proceso no se lleva a cabo a nivel asistencial porque “gasta tiempo y recursos y no tiene valor”, ha explicado González Romo. Por el contrario, en el ámbito epidemiológico si tiene importancia, al igual que en el ámbito científico, para poder controlar la extensión de la enfermedad.

Pero, ¿Se debería secuenciar el material genómico de todos los pacientes positivos? La respuesta, en línea con lo anterior, es negativa. Se desarrollan muestreos y se lleva a cabo el proceso de secuenciación ante un aumento determinado de casos positivos de coronavirus. Esta medida es determinada por las autoridades sanitarias y las administraciones públicas de cada país.

“Si, por ejemplo, se detecta una acumulación de nuevos casos en un núcleo poblacional concreto, se lleva a cabo el muestreo para ver si la variante se ha modificado”

Microbiólogo clínico del Hospital Clínico San Carlos, Fernando González Romo

Este muestreo también puede iniciarse cuando la sintomatología que presenta un paciente es distinta de la observada hasta el momento. Concretamente, González Romo ha indicado que Reino Unido secuencia más cantidad de virus que en España.

Un virus con muchas variantes de poco valor

Dicho proceso consiste en secuenciar la cadena de nucleótidos que codifican los aminoácidos y compararla con la basal para poder observar si tienen los mismos componentes.

“A veces cambia un nucleótido y no afecta a la proteína y en otras ocasiones puede modificar una proteína importante”, ha indicado González Romo, quien subraya que la mayoría de mutaciones que se producen son “un fracaso”.

Para el experto, una de las “buenas noticias” desde el comienzo de la pandemia fue conocer que el SARS-CoV-2, tratándose de un virus de ARN, no es un virus que cambie demasiado. Las mutaciones surgen como un subproducto natural de reproducción. Los virus de ARN suelen ser de mayor mutación, sin embargo, los coronavirus mutan menos que la mayoría de virus de ARN. “Se equivoca un poco menos y corrige un poco más los errores, podría haber sido peor”, ha resaltado.

Árbol filogenético de la circulación de linajes del SARS-CoV-2 en Reino Unido. Fuente: American Medical Association.

El virus del SARS-CoV-2 muta menos que el VIH o el de la gripe. Estas circunstancias podrían explicar cómo hasta la fecha se conocen miles de variantes del coronavirus que no tienen rasgos significativos importantes.

Clasificación de las variantes

Para poder estudiar las variantes detectadas en los procesos de muestreo existe una clasificación a nivel clínico que permite organizar la información relativa al virus: los árboles filogenéticos.

Se trata de un diagrama que representa las relaciones entre los organismos que se estudien, actuando, según González Romo, como “mapa mental”. Los arboles filogenéticos parten de una primigenia, un linaje original a partir del cual se desarrolla el resto.

Las mutaciones se establecen con un código que contiene un número entre dos letras mayúsculas. En esta línea, la primera letra hace referencia al aminoácido que ha sido sustituido, el número a la posición donde se encuentra la mutación y la última letra refiere al aminoácido que ha sustituido al anterior.

De esta forma, la nomenclatura N501Y, que alude a una de las mutaciones de la variante británica, indica que la Aspargina (N) ha sido sustituida por una Tirosina (Y) en la posición 501 del genoma del virus.

Ante las mutaciones de los virus, el experto ha explicado que una de las cuestiones estudiadas por los expertos en el laboratorio es la posibilidad de que afecten a las pruebas diagnósticas. En este sentido, el experto indica que las pruebas de PCR realizadas se analizan en base a fragmentos complementarios del material genético, también denominados sonda.

“Como hay muchos tipos de PCR, porque cada casa comercial saca una, es importante estudiar si la sonda analizada utiliza la cadena complementaria que justo ha mutado”, ha explicado González Romo, quien indica que en este caso la PCR saldría negativa, al no detectar dicho cambio.

¿Qué implicaría una nueva cepa de coronavirus?

“Si en el futuro tenemos una nueva cepa podrían darse más casos de reinfección que los que tenemos hasta ahora”, ha explicado el microbiólogo. Actualmente, la tasa de reinfección por coronavirus no es muy alta en el mundo.

González Romo explica que esta situación está siendo estudiada porque “probablemente tenga más que ver con lo que denominamos hospedador, que con el virus”. En este sentido, es posible que la infección no genere la inmunidad suficiente en la persona infectada o los anticuerpos desaparezcan demasiado pronto.

 “No todas las enfermedades infecciosas que conocemos  y que pasamos generan una inmunidad de por vida”, ha subrayado. El experto pone como ejemplo la meningitis meningocócica que “está producida por una bacteria es un cuadro tan sumamente rápido, agudo y abrupto que no genera inmunidad”.

Sin embargo, el experto señala que aún existen dudas referentes a la vacunación en pacientes que hayan superado la enfermedad. “Es una pregunta habitual y la respuesta es sí, no ocurre como en otras enfermedades como el sarampión que quedas inmunizado de por vida”, ha destacado.

Posibles cambios en la vacuna

Ante estas cuestiones surge la duda de posibles modificaciones en la vacuna ante las mutaciones. Cualquier variante del coronavirus podría afectar a la vacuna según la teoría. Por el contrario, González Romo ha afirmado que que los anticuerpos que genera la vacuna, en términos generales, “se han enfrentado al virus in vitro en laboratorio y continúan neutralizando el virus”.

El experto ha explicado que esta situación no ha podido ser estudiada en vivo porque los procesos de vacunación han comenzado recientemente y no hay estudios sobre este tema.

“Lo bueno que tiene este tipo de vacuna de ARN mensajero es que se pueden modificar rápidamente y en apenas cinco o seis semanas podría ser modificada incorporando esta nueva variante”, ha concluido.  


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